La nueva Cúpula Militar de Ecuador definió la nueva estrategia para lo que el Gobierno llama una "nueva fase de la guerra" contra el crimen organizado. Manabí es una de las nueve provincias priorizadas. 

La renovación del Alto Mando Militar de Ecuador en días pasados, trae consigo nuevas directrices que marcarán la "nueva fase de la guerra", anunciada por la administración de Daniel Noboa, misma que concentrará esfuerzos en provincias críticas como Manabí.

En un comunicado difundido este 10 de septiembre de 2025, el Ministerio de Defensa señala que "se abre un ciclo de conducción que va más allá de la operatividad, con una transformación en la planificación y focalización de las acciones militares". Las acciones se articulan en tres ejes: control territorial y ofensiva directa; fortalecimiento de la inteligencia militar y operaciones especiales; y neutralización y eliminación de objetivos.

Dentro de las prioridades en la ofensiva de Defensa destacan la eliminación de cabecillas; la destrucción de maquinaria, combustibles e infraestructura usada en la minería ilegal; y la neutralización de vehículos, bodegas y material vinculados al robo y contrabando de combustibles.

Según Defensa darán atención prioritaria al control de los centros penitenciarios bajo responsabilidad de las Fuerzas Armadas y cero tolerancias a la corrupción, con depuración institucional y mano dura internamente desde el Comando Conjunto.

Las provincias priorizadas son: Guayas, Los Ríos, Manabí, El Oro, Carchi, Sucumbíos, Orellana, Zamora y Morona Santiago, en donde se incrementarán operaciones para neutralizar objetivos de alto valor, atacar blancos determinados y reforzar controles de armas y explosivos.